Военный эксперт Виктор Мураховский подверг критике работу комплекса в боевой обстановке в Сирии
В Сирии выяснилось, что «Панцирь» практически «не видит» малоскоростные и малоразмерные цели, к которым относятся военные БПЛА. При этом комплекс регулярно фиксировал ложные цели — летающих вокруг базы крупных птиц, чем сбивал с толку операторов.

Позднее Виктор Мураховский заявил, что комплекс показал серьёзные недостатки и изъяны, прикрывая от воздушных атак авиабазу Хмеймим в Сирии. По его словам, эффективность «Панциря» составила всего 19 %, в отличие от него, эффективность ЗРК Тор-М2 составляла 80 %.

К недостаткам относится наличие мёртвой воронки в верхней полусфере, длительность приведения в боевое состояние.

Эффективность комплекса зависит от тактики его применения, которое, в частности, малоэффективно при одиночном размещении пусковых установок, а не в составе полноценного комплекса.